Anfangs wurde im März 2014 Klage gegen 26 Personen eingereicht, unter anderem gegen Mücella Yapıcı von Taksim Solidarity, für die „Gründung und Leitung einer Organisation“ für terroristische Aktivitäten. Diese Personen wurden am 29. April 2015 vom 33. Strafgerichtshof der ersten Instanz in Istanbul freigesprochen. In diesem Fall, auch als erste Phase des Gezi-Prozesses bezeichnet, hat der Anwalt Can Atalay seine Mandanten als Anwalt verteidigt.

Vier Jahre nach dem Prozess wurden Can Atalay und 16 weitere, einschließlich Osman Kavala, am 19. Februar 2019 mit der Begründung angeklagt, sie hätten die Gezi-Proteste organisiert und finanziert. Ursprünglich richteten sich die Proteste gegen die Bebauungspläne für den zentralen Gezi-Park in Istanbul. Danach weiteten sich die Proteste 2013 zu einer größeren Protestbewegung aus, die gewaltsam niedergeschlagen wurde. Die Anklage umfasste 746 Beschwerdeführer und wurde vor allem von Präsident Recep Tayyip Erdoğan und seinen Ministern eingereicht. Für alle 16 Angeklagte, einschließlich Anwalt Can Atalay, wurde jeweils eine Gefängnisstrafe zwischen 606 und 2000 Jahren gefordert. Can Atalay und andere Angeklagte wurden für den Versuch verurteilt, die Regierung der Republik Türkei zu stürzen und sie an der Erfüllung ihrer Pflichten zu hindern. Der Prozess wurde mit vielen schwerwiegenden Anklagepunkten geführt, wie etwa Plünderung, Körperverletzung und Widerstand gegen das Kultur- und Naturschutzgesetz. Während des Prozesses wurden keine konkreten Beweise bezüglich der Anschuldigungen vorgebracht, abgesehen von Telefonanrufen und Tweets zwischen den Angeklagten, die keine Beweisfunktion hatten. Trotz der eindeutigen Feststellung, dass in diesen Gesprächen kein Aufruf zu Gewalt unterstützt wurde, wurde entschieden, dass ein ausreichender Verdacht vorlag. Die Anklage wurde angenommen und der Prozess vor dem 30. Istanbuler Hohen Strafgerichtshof begonnen.