Indonesia cuenta con un plan de acción nacional de derechos humanos. Los funcionarios del Ministerio de Justicia y Derechos Humanos evalúan anualmente los servicios públicos basados en los derechos humanos. La inclusión los derechos humanos en las políticas públicas solía consistir en un programa basado en premios. Ahora es un reglamento y está sujeto a la supervisión de las Naciones Unidas a escala internacional.

En agosto de 2022, la FNF y el Ministerio organizaron un taller en Yogyakarta con funcionarios de la Dirección General de Derechos Humanos y representantes provinciales. En Yogyakarta, muchos de los reclusos realizan actividades de capacitación, como clases religiosas voluntarias sobre doctrinas islámicas, protestantes o católicas. También hay otras actividades de capacitación que pueden realizar, como talleres de cocina, artesanía, jardinería o soldadura. Además, algunas cárceles tienen salas de espera para visitantes que cuentan con cambiadores para bebés e instalaciones para niños. Los reclusos que hayan abandonado prematuramente los estudios pueden recibir clases complementarias de secundaria o bachillerato. La participación y el buen desempeño de los reclusos tienen un efecto positivo en las solicitudes de libertad condicional y la reducción de las condenas. La FNF y el Ministerio han dirigido en conjunto diversos programas en varias provincias indonesias, como Borneo Occidental, Célebes Meridional y Riau.